Кроме того, Фишер как ученый неоднократно использовался правительством для преодоления трудностей, встававших перед военной промышленностью страны. Однако поняв сущность грязной политики немецкого империализма, а также в результате личной утраты Фишер стал пацифистом. После 1918 г. Фишер уже отказался от своей подписи под «Манифестом» и считал империалистическую войну «плохим предприятием, которое должно быть ликвидировано».
Престарелый Эмиль Фишер не понял смысла революции 1918 г. Несмотря на весь горький опыт, Фишер не был в состоянии увидеть в рабочем классе носителя революционного прогресса и понять подлинные причины несчастья нации и краха своей жизни.
До конца дней его политическая позиция оставалась неопределенной.
В 1919 г. закончилась жизнь этого великого химика и организатора научных исследований. Современники полагали, что здоровье Фишера и воля к жизни были подорваны горьким сознанием, что свой талант он поставил на службу недостойным политическим целям и заплатил за это дорогой ценой - жизнью сыновей, погибших на войне.