В результате работ таких замечательных химиков, как М. В. Ломоносов, К- Шееле, Г. Кавендиш, Д. Пристли, которые пытались выделить флогистон и исследовали газообразные продукты реакций, стала очевидной несостоятельность теории флогистона.
Впервые на основании точных количественных исследований в 1775 г. Лавуазье наглядно показал недостатки теории флогистона, и это привело к ее замене разработанной Лавуазье кислородной теорией.
На примере теории флогистона Энгельс рассмотрел противоречивый путь, по которому может идти процесс познания. По его словам, «Гегелевская диалектика так относится к рациональной диалектике, как теория теплорода - к механической теории теплоты, как теория флогистона - к теории Лавуазье».
Так же как предшествовавшие Марксу философы накопили материал, который был им затем гениально переработан, так и «в химии флогистонная теория своей вековой экспериментальной раработой впервые доставила тот материал, с помощью которого Лавуазье смог открыть в полученном Пристли кислороде реальный антипод фантастического флогистона и тем самым ниспровергнуть всю флогистонную теорию».
Наблюдения Шталя, его исследования природных и производственных процессов, а также поиски причин внутренней связи химических явлений явились основой флогистонной теории и были пронизаны ею. Они имели основополагающее значение для воспитания, образования и работы химиков. Они направили деятельность химиков на преодоление как алхимических умозрений, так н эмпиризма, на проникновение результатов научного эксперимента в химические ремесла и промышленность с целью применения химических знаний для подъема производства.