В здоровом человеке, по мнению Парацельса, все три начала находятся в естественном равновесии, которое при болезни нарушается. Следовательно, это нарушенное равновесие можно восстановить при помощи определенных химических препаратов. Он требовал от химии: «не надо говорить: алхимия, делай золото и серебро, следует сказать: делай arcana и помогай тем самым от болезней».
Поэтому первоочередной задачей химии Парацельс считал поиск веществ, которые могли быть использованы как лекарственные средства. С этой целью он проверял действие на людей различных соединений меди, свинца, ртути, сурьмы, мышьяка. Особую славу приобрел Парацельс, весьма успешно применяя ртутные препараты для лечения широко распространенного в то время сифилиса.
Парацельс поставил перед химией новые конкретные задачи, показав врачам и аптекарям необходимость приготовления химических лекарственных средств. Тем самым он способствовал развитию химической науки, поскольку приготовление химических лекарственных препаратов в широких масштабах требовало усовершенствования теоретических представлений и развития методов лабораторной работы. Благодаря этому улучшилась естественнонаучная подготовка врачей и аптекарей, расширилась область их деятельности. Парацельс считал, что «врачу теперь недостаточно знать, как делать кальцинацию или сублимацию, но и следует вникать в протекание других, более сложных превращений». Лекарства, по его мнению, должны быть не только правильно прописанными и максимально чистыми, но и приготовленными в должных количественных отношениях. Они должны быть проверены на практике, их число должно постоянно увеличиваться за счет новых препаратов.
При этом Парацельс использовал вещества и превращения, не только изучавшиеся алхимиками в связи с попытками получить золото. Он ставил более широкую цель: исследовать свойства веществ и найти новые соединения с более полезными для медицинских целей свойствами. Так перед химией были поставлены довольно четко очерченные научные задачи и как медицинскую химию (или иатрохимию) ее стали преподавать на медицинских факультетах университетов. Уже в начале XVII в. была организована специальная кафедра иатрохимии в Марбургском университете в Германии.
